Internet Nouvelle Génération
Quand votre ordinateur aide la recherche
Donner de l’argent n’est plus le seul moyen pour le grand public de faire avancer la recherche contre les maladies génétiques. Il peut également participer en mettant à disposition son ordinateur personnel via Internet. L’opération Décrypthon qui vient d’être menée par l’Association française contre les myopathies (AFM), en est une démonstration probante.
L’Internet devient un outil de plus en plus prisé pour rendre accessible la recherche au plus grand nombre. Les technologies de «Grid» (grilles de calcul), qui associent plusieurs ordinateurs en réseau pour accomplir des tâches de tous ordres, font partie des développements les plus prometteurs. Sur le Web francophone, Décrypthon est l’une des premières opérations de ce type qui utilise les ordinateurs des internautes.
En moins de dix ans, la puissance de calcul des ordinateurs de monsieur tout le monde a été multiplié par quarante. Forte de ce constat, l’Association française contre les myopathies (AFM) a mené cette année, en partenariat avec le géant informatique IBM et la société française de biotechnologies Génomining, le projet Décrypthon, dont l’objectif est d’aider les chercheurs à établir une première cartographie du protéome comparable à la carte du génome humain en génétique.
Du 1er février au 4 mai 2002, les ordinateurs des volontaires à ce programme ont comparé quelques-unes des 500 000 protéines identifiées chez les êtres vivants (humain, végétal et animal) afin de détecter des similarités entre elles. Cette première comparaison exhaustive de toutes les protéines du monde vivant devrait permettre aux chercheurs de progresser plus rapidement dans la compréhension des maladies génétiques.
10 millions d’heures de calcul
Décrypthon est basé sur le modèle du projet américain SETI@home (Search for ExtraTerrestrial Intelligence ou Recherche d’une intelligence extraterrestre) qui a utilisé les ordinateurs de 2,6 millions d’internautes à leurs moments perdus. En effet, les processeurs des ordinateurs ne sont pas utilisées à 100 %. Ces longues périodes d’inactivité de centaines ou de milliers stations de travail informatiques peuvent être exploitées pour des activités ayant besoin d’une puissance de calcul massive. Dès lors au lieu d’employer un super calculateur, il est imaginable d’interconnecter plusieurs ordinateurs ensemble pour constituer une machine virtuelle qui dispense de la puissance de calcul à la demande : c’est le principe du «Grid».
Comme pour l’initiative SETI@home, chaque personne désireuse de participer au Décrypthon a téléchargé un petit logiciel sur le site de l’AFM, qui utilise l’ordinateur pendant les moments inoccupés, en lieu et place de l’écran de veille. Samia Ghozlane, responsable des services Internet & TIC à l’AFM, a travaillé de très près au projet. Elle explique sa mise en œuvre concrète. Une tâche d’une extrême simplicité pour l’internaute. «Pour des raisons de temps et de coûts, notre partenaire IBM qui a mis en oeuvre l'ensemble des infrastructures informatiques, a privilégié un certain type de plate-formes : un PC équipé d’un pentium II, sous Windows 98 et connecté à Internet. Le logiciel télécharge ponctuellement un paquet de données qu’il traite en quelques heures en «off-line». Une fois, le travail terminé, il demande à l’utilisateur de se reconnecter pour envoyer ces résultats. Les calculs ne nécessitent donc pas une connexion permanente au réseau».
En lançant cette opération, l’AFM et ses partenaires ne s’attendaient pas à une telle mobilisation des internautes. «Au début, on a tablé sur la puissance de calcul d’un parc de 100 000 ordinateurs, avec une moyenne de travail de deux heures par jour par PC. Mais les internautes ont été généreux, ils ont laissé leur PC en veille toute la journée, soit une moyenne de 7 à 9 heures par jour», raconte-t-elle. A tel point que «seules 75 000 machines ont été nécessaires pour réaliser plus 10 millions d’heures de calcul». Dès lors, tous les calculs ont été réalisés dans un délai de trois mois. Culture réseau oblige, l’ensemble des résultats du Décrypthon est accessible en ligne sur le site du centre de ressources scientifique Infobiogen.
En moins de dix ans, la puissance de calcul des ordinateurs de monsieur tout le monde a été multiplié par quarante. Forte de ce constat, l’Association française contre les myopathies (AFM) a mené cette année, en partenariat avec le géant informatique IBM et la société française de biotechnologies Génomining, le projet Décrypthon, dont l’objectif est d’aider les chercheurs à établir une première cartographie du protéome comparable à la carte du génome humain en génétique.
Du 1er février au 4 mai 2002, les ordinateurs des volontaires à ce programme ont comparé quelques-unes des 500 000 protéines identifiées chez les êtres vivants (humain, végétal et animal) afin de détecter des similarités entre elles. Cette première comparaison exhaustive de toutes les protéines du monde vivant devrait permettre aux chercheurs de progresser plus rapidement dans la compréhension des maladies génétiques.
10 millions d’heures de calcul
Décrypthon est basé sur le modèle du projet américain SETI@home (Search for ExtraTerrestrial Intelligence ou Recherche d’une intelligence extraterrestre) qui a utilisé les ordinateurs de 2,6 millions d’internautes à leurs moments perdus. En effet, les processeurs des ordinateurs ne sont pas utilisées à 100 %. Ces longues périodes d’inactivité de centaines ou de milliers stations de travail informatiques peuvent être exploitées pour des activités ayant besoin d’une puissance de calcul massive. Dès lors au lieu d’employer un super calculateur, il est imaginable d’interconnecter plusieurs ordinateurs ensemble pour constituer une machine virtuelle qui dispense de la puissance de calcul à la demande : c’est le principe du «Grid».
Comme pour l’initiative SETI@home, chaque personne désireuse de participer au Décrypthon a téléchargé un petit logiciel sur le site de l’AFM, qui utilise l’ordinateur pendant les moments inoccupés, en lieu et place de l’écran de veille. Samia Ghozlane, responsable des services Internet & TIC à l’AFM, a travaillé de très près au projet. Elle explique sa mise en œuvre concrète. Une tâche d’une extrême simplicité pour l’internaute. «Pour des raisons de temps et de coûts, notre partenaire IBM qui a mis en oeuvre l'ensemble des infrastructures informatiques, a privilégié un certain type de plate-formes : un PC équipé d’un pentium II, sous Windows 98 et connecté à Internet. Le logiciel télécharge ponctuellement un paquet de données qu’il traite en quelques heures en «off-line». Une fois, le travail terminé, il demande à l’utilisateur de se reconnecter pour envoyer ces résultats. Les calculs ne nécessitent donc pas une connexion permanente au réseau».
En lançant cette opération, l’AFM et ses partenaires ne s’attendaient pas à une telle mobilisation des internautes. «Au début, on a tablé sur la puissance de calcul d’un parc de 100 000 ordinateurs, avec une moyenne de travail de deux heures par jour par PC. Mais les internautes ont été généreux, ils ont laissé leur PC en veille toute la journée, soit une moyenne de 7 à 9 heures par jour», raconte-t-elle. A tel point que «seules 75 000 machines ont été nécessaires pour réaliser plus 10 millions d’heures de calcul». Dès lors, tous les calculs ont été réalisés dans un délai de trois mois. Culture réseau oblige, l’ensemble des résultats du Décrypthon est accessible en ligne sur le site du centre de ressources scientifique Infobiogen.
par Myriam Berber
Article publié le 27/08/2002
